Época republicana

El Perú declaró su independencia en 1821 y la ciudad del Cuzco mantuvo su importancia dentro de la organización político administrativa del país. En efecto, se creó el departamento del Cuzco que abarcaba incluso los territorios amazónicos hasta el límite con el Brasil. La ciudad fue la capital de dicho departamento y la ciudad más importante del sur este andino^{[cita requerida]}.

A partir del siglo XX, la ciudad inició un desarrollo urbano en un mayor ritmo que el experimentado hasta ese momento. La ciudad se extendió a los vecinos distritos de Santiago y Wanchaq.

En 1911, partió de la ciudad la expedición de Hiram Bingham que lo llevó a explorar las ruinas incaicas de Machu Picchu.